我院研究生教育以培养质量的提高为根本，以为发展药学学科、促进人民健康培养高层次专门人才为目标，不断为祖国的药学事业输送优秀人才。

目前我院具有药学一级学科硕士学位授予权，在药物化学、生药学、微生物与生化药学三个专业招收硕士研究生，同时招收制药工程专业学位硕士研究生。依托化学学院、生命科学学院招收化学生物学、微生物学专业的博士研究生。迄今已有4届毕业研究生，在校研究生总数已超过200人。

研究生教育注重源头创新能力的培养，学位课程的选择充分体现研究生层次的特点，有足够的广度和深度，反映学科发展的前沿；教学活动努力夯实学生专业知识基础，培养学生的创新思维和独立分析问题、解决问题的能力；教学方式体现研究生教学特点，注重理论联系实际，体现学科特色。课程设置注重基础性、宽广性和实用性，理论性的课程反映本学科领域最重要的基础理论和专业知识及研究进展。同时强化实践环节，以实际应用为导向，以职业需求为目标，开展各类实践教学。

毕业的研究生熟练掌握药物设计与合成、生物技术药物、中药与天然产物药物等方面的基础理论，能够独立、创造性地从事新药创制及相关的科学研究、教学工作或专门技术工作，大多供职于大型制药企业、科研机构及相关政府部门。